Впервые производство компании было открыто в России в конце XIX века. Недалеко от Москвы была основана первая фабрика по производству ализариновых и анилиновых красителей. Фабрикa «Байер» обеспечивала около 75% спроса на искусственные красящие вещества, являясь самым крупным производителем в стране на тот момент. Постепенно ассортимент был расширен за счет фармацевтических препаратов, в том числе аспирина. В 1912 года фабрика была преобразована в aкционерное общество «Химическая фабрика Байер & К°».
В 1915 году компания была закрыта. Но в 1978 году было заново открыто представительство компании Bayer AG. В 1994 году было образовано ЗАО «Байер». Сегодня основной офис компании в России находится в Москве, но компания широко представлена по всей России в том числе благодаря более 25 региональным офисам.